Na het starten van FlashFXP kies je voor de Site Manager zoals hieronder weergegeven. Het is ook mogelijk om hiervoor de sneltoets 'F4' te gebruiken.  

Het scherm met de ingestelde FTP-servers wordt weergegeven. Waarom dit scherm Site Manager' wordt genoemd is mij een raadsel.

Maak hier een nieuwe connectie aan door op 'New Site' te klikken of kies voor een bestaande, aan te passen connectie. Na het instellen van de basisgegevens, kies je voor het tabblad 'SSL'. Zet hier de vinkjes zoals aangegeven in het screenshot. De FTP-client is nu ingesteld om verbinding te kunnen maken met een FTP-server die een Explicit SSL verbinding vereist of toelaat. Middels 'connect' maak je vervolgens direct verbinding  met de gewenste FTP-server.